Net zoals planten en dieren hebben ook micro-organismen zuurstof nodig om te kunnen groeien. Veel micro-organismen kunnen ook groeien zonder zuurstof, voor sommige micro-organismen is zuurstof zelfs giftig. Micro-organismen die alleen groeien met zuurstof noemt men obligaat aerobe micro-organismen. Obligaat anaerobe micro-organismen groeien uitsluitend zonder zuurstof. Facultatief anaerobe micro-organismen groeien zowel met als zonder zuurstof.

In de menselijke darmen worden 100 tot 600 verschillende soorten bacteriën gevonden. De meeste hiervan vinden we in de dikke darm. Hiervan is 99% strikt anaeroob en leven dus zonder zuurstof. De bekendste menselijke darmbacterie is de Escherichia coli, oftewel E-coli.